Boğaziçi Moleküler Biyoloji ve Genetik’te Neler Öğrendim?

Boğaziçi Moleküler Biyoloji ve Genetik öğrencileri derslerde neler öğreniyordu, çok mu dersleri vardı, içerikleri nelerdi hepsi bu yazıda 🙂 Buna benzer bilgiler bölümün sitesinde de var ama bence bu bölüme gelmek isteyip de dersleri merak eden kişiler için yeterince açık değiller, o yüzden ben de buraya minik bir ders rehberi hazırladım.


BIO101 – Hücresel ve Moleküler Biyoloji 1

Bölümde alınan ilk dersimiz olur kendisi. İlk hücrenin nasıl oluştuğu, hücre zarı, hücre zarındaki enerji sistemleri, enzimler, fotosentez, solunum ve hücre iskeleti gibi konular da gördük. Bu dersten daha sonra 2 tane daha alınıyor ve o dersler çok daha detaylı oluyor.

BIO111 – Moleküler Biyolojiye Giriş

Her hafta 1 ders saati seminer salonunda her hoca kendi araştırma konusunu bize tanıtıp seminer verdi. Bölümde neler oluyor, hangi konular araştırılıyor onları öğrendik. Bölümü ve araştırmaları sevip sevmememiz konusunda bize iyi bir örnek olduğunu düşünüyorum (ki ben bu derslerde çok sıkılıyordum ve bölümden soğumuştum 😀 çünkü küçüktük ve nelerden bahsettiklerini inanın ki anlamıyordum)

BIO102 – Hücresel ve Moleküler Biyoloji 2

Bu ders hücreden çok kromozomlar, DNA eşlenmesi ve tamiri, protein sentezi gibi biraz daha DNA ağırlıklı konular gördük. Daha sonra hücre döngüsü, mitoz, mayoz konularını işledik ve en son da gelecek sene işlenecek Genetik dersinden konularla beraber kanser konusunu gördük. Bu derste asistanlar haftada 1 gün yardımcı olması için konularla ilgili deney soruları çözdüler.

BIO106 – Hücre Biyolojisi Laboratuvarı

Ben bu dersi almadım çünkü okuldaki program değişti ama bildiğim kadarıyla bir DNA sekansı nasıl çoğaltılır, bakterilerdeki plasmid nasıl başka bakteride çoğaltılır gibi deneyler yapıyorlar. Okulda aldığımız her lab dersinde her hafta ayrı bir deney yapılıyor ve gelecek haftaya kadar o deneyle ilgili bir rapor yazmanız bekleniyor. Laba girmeden önce o haftanın deneyiyle ilgili bir quiz oluyoruz ve bu dersten alacağımız notu etkiliyor.

Raporlarımızda “bu deneyi neden yaptınız, amacınız neydi, neyi bulmak istediniz,  neden bu metodu ve materyalleri kullandınız, elde ettiğiniz sonucu bekliyor muydunuz, hayır ise neden” gibi soruları cevaplamanız gerek. İlk haftalarda çok zorlansak da yazdıkça ne yazmamız gerektiğini öğreniyoruz ve bu raporlar bize gelecekte yazacağımız makaleler öncesinde pratik sağlıyor. Ayrıca bazen gerçekten neyi neden yaptığımızı rapora yazmak için araştırırken öğreniyoruz.


BIO201 – Evrim ve Çeşitlilik

Bu derste tabi ki “maymundan mı geldik” sorusuna çözüm bulmadık 🙂 Ders daha çok doğal seçilimin genlerdeki etkisi, türlerin birbirinden nasıl ayrıldığı ve buna sebep olan şeyleri daha moleküler düzeyde öğrendik. Dönemin ortasından itibaren de virüsler, bakteriler, bitkiler, mantarlar ve hayvanların evrimsel özelliklerini gördük, öğrendiklerimiz pek de klasik “mantarlar sporla ürer” şeklinde değildi.

BIO203- Biyoistatistik

Biyolojik verilerin istatistikle nasıl yorumlanacağını gördük ve bu ders okulda aldığım en yararlı derslerden biriydi. Mesala elinizde bir deney sonucu var, bu sonuç daha önce elde ettiğiniz deney sonuçlarıyla tutarlı mı yoksa tesadüfen mi bu sonucu elde ettiniz, ya da bir ilacın hücrede gerçekten kabul edilir bir etkisi var mı, bunları hangi testlerle kontrol edersiniz onları öğrendik.

Sınavlarda ders slaytlarını ve Excel kullanabildik çünkü derste önemli olan dört işlemdense hangi durumda hangi testi kullanacağımıza karar verebilmekti. Öğrendiğimiz testlerı R ve Excel’de nasıl çalıştıracağımızı da gördük.

BIO252 – Genetik

Derse ilk olarak DNAnın nasıl bulunduğu ve kalıtımı sağladığının nasıl anlaşıldığıyla ilgili deneyler gördük ve DNAnın yapısını detaylı bir şekilde işledik. Sonra kromozomlar nasıl ayrılır, ayrılırken olabilecek hatalar ve sonuçları, kromozomların nasıl yeni hücrelere aktarıldığını gördük. Sona doğru bağlı genlerin nasıl aktarıldığı, mitokondrinin kalıtımdaki etkisi ve popülasyon genetiği ile ilgili şeyler öğrendik. En sonda da “Becoming Human” belgeselini izledik. Bence BIO310 kadar olmasa da zor ve detaylı bir dersti.


BIO254 – Genetik Laboratuvarı

Her hafta bir lab deneyi yaptık. Mendel kalıtımı (monohibrit-dihibrit), cinsiyete bağlı kalıtım deneylerini sinekleri çiftleştirip yeni kuşağı inceleyerek yaptık (Drosophila melanogaster). Parmak izlerimizi inceleyip analiz ettik, Drosophila‘nın kromozomunu çıkarıp mikroskopta gözlemledik, bakteride gen aktarımı, hangi genlerin aynı kromozomda bulunduğunu anlamak için “komplementasyon” deneyi ve kromozom anormalilerini inceleyerek babalık testi yaptık 🙂

En önemli deney “Whole Exome Sequencing“te ise bazı elemeler ve PCR kullanarak hangi genin hangi hastalıktan sorumlu olabileceğini anlamaya çalıştık. Aynı BIO106daki gibi, her hafta o hafta yaptığımız deneyle ilgili, tamamen kendimizin yazdığı 5-10 sayfa arası deney raporları yazdık. Labdan önce o haftanın deneyiyle ilgili quiz olduk ve bunlar da notumuzu etkiledi.

BIO301 – Biyokimya

Çoğunlukla proteinler ve aminoasitler üzerine kurulu bir dersti. Aminoasitlerin özellikleri ve proteinlerin yapıları ile başladı, enzimler nasıl çalışır (nasıl bir enzim-substrat ilişkisi var, enzimdeki hangi aminoasidin hangi atomu substratta nereye bağlanıyor), karbonhidratlar ve yağların hücredeki görevleri, hücre zarındaki moleküller, bunların nasıl çalıştığını (yine hangi molekül hangi aminoasit ile bağlanıp çalışıyor temeli üzerinde) öğrendik. En sonda da hücrede sinyallerin hangi moleküller ile nasıl bir yol izleyerek iletildiğini gördük.

BIO302 – Biyokimya 2

İlk biyokimya dersinden farklı olarak bu ders metabolizma üzerine işlendi. Glikoliz, sitrik asit döngüsü, oksijenli solunum, fotosentez, Calvin döngüsü, glikojen ve yağ asitlerinin nasıl işlendiği, proteinlerin ve aminoasitlerin nasıl sindirildiği ile aminoasit ve nükleotid sentezi konularını gördük.

Derste beni en çok heyecanlandıran şeyler kreatin, L-karnitin gibi suplementlerin, kafeinin ve trans yağların vücudumuza olan etkileri ile check-upta en sık kontrol edilen enzimlerin ne iş yaptığını ve nasıl çalıştığını öğrenmekti. Gerçekten günlük hayatta merak ettiğim bir şeydi mesala kafeinin nasıl uyarıcı etki verdiği, öğrenmiş oldum 🙂

BIO333 – Biyokimya Laboratuvarı

Labdan önce 1 saat dersi veren hocamız gelip deneyin konusunu anlatıyordu. Bizim okuldaki tüm lab dersleri gibi bu labda da deneyden önce o haftaki deneyin içeriği ve geçen haftaki deneyle ilgili 1’er sorunun olduğu küçük quizler olduk. Bu quizler en son dersin notlandırılmasında neredeyse deney raporları kadar etkili oldu. Her hafta deneyi yaptıktan sonra deneyi neden yaptık, amacı ne, hangi materyalleri neden kullandık, nasıl sonuçlar elde ettik ve bu sonuçları bekliyor muyduk, beklediğimizden farklı olduysa nedne böyle oldu; bunları anlatan deney raporları yazdık.

Yaptığımız deneyler aminoasitlerin titrasyonu ile başladı, daha sonra “affinity chromatography” metodu ile istediğimiz bir proteini hücreden nasıl ayırırız bunu öğrendik. SDS-PAGE – Western Blotting ile elde ettiğimiz bu protein istediğimiz protein mi onu kontrol ettik ve Bradford Assay  ile bu protein düzgün bir şekilde, yeterli miktarda izole edilebildi mi ona baktık. Hücreden protein izolasyonu için bir de o proteine özel antikor kullanarak “immunoprecipitation” metodunu kullandık. Daha sonra enzim yardımı ile bir tepkime yürüttük ve enzim-substrat miktarı gibi değişkenler tepkime hızını nasıl etkiliyor, buna baktık. En son deneyde de hücredeki hücre iskeleti ya da çekirdek gibi farklı şeyleri mikroskopta ayırt edebilmek için farklı florasan boyalarda boyayıp florasan mikroskopunda gözlemledik.

BIO331 – Biyolojide Araştırma Teknikleri

“Hangi deney nasıl yapılır, neyi görmek için ne yapmalısın” şeklinde deneysel methodları öğrendiğimiz bir ders. Hücreden belli bir proteini nasıl ayırırsın, iki proteinin etkileşimde olup olmadığını nasıl anlarsın, florasan moleküller nasıl kullanılır, bir hücrede bir genin aktif olup olmadığını nasıl anlarsın, hücredeki belli bir molekülü nasıl saptarsın gibi soruları cevaplayabilecek hale geldik. Bence okulda aldığımız en yararlı dersti. Biyokimya labıyla konuları çok ortaktı, bu derste öğrendiklerimizi labda uyguladık diyebilirim.

BIO353 – Moleküler Genetik

Dershanede bir derste anlatılan protein sentezini koca bir dönemde anlatan bir ders varsa, o ders budur. DNA’nın yapısından başlayıp mutasyonlara, RNA sentezinden protein sentezine geçen, proteinin sentezinin gen düzeyinde nasıl düzenlendiğinden bahseden, RNA çeşitleri ve RNA’ların gelişimdeki etkisini anlatan mükemmel bir ders olur kendisi. Çok yoğun bir programı var ama genden başlayıp protein elde edimine kadarki bütün süreci en ince ayrıntısına kadar görüyorsunuz.

BIO355 – Moleküler Biyoloji Labı

Diyelim ki elinizde deneyde kullanacağınız, etkisini merak ettiğiniz bir DNA parçası var. Bunu hücreye verip etkisini gözlemlemek istiyorsunuz, biz bütün bir dönem boyunca bu işlem nasıl yapılır sadece bunu gördük. Önce o DNA’yı uygun bir taşıyıcı plazmidin içine aktarmalısınız ve sonrasında da bu yeni plazmidi hücrelere verip o DNA’nın hücrede protein sentezlemesini sağlamaya çalışıyorsunuz. En son da bu proteini hücrede gözlemlemeniz gerekiyor. Yani hücrelere normalde kendilerinin üretmeyeceği bir proteini zorla sentezleyip etkisine bakıyorsunuz ve bu gerçek araştırmalarda çok fazla kullanılan bir metod, o yüzden bu klonlama olayını öğrendiğimiz çok iyi oldu.


BIO310 – Hücresel ve Moleküler Biyoloji 3

Okulda şu ana kadar aldığım ve alacağım en zor ders bu sanırım. Hem konuları çok detaylı, hem de kitapta üniteler çok uzun olduğundan okuması çok uzun zaman alıyor (Örneğin genetikte ilk sınavda 30 ar sayfalık 3 ünite varken bunda 70 er sayfalık 4 ünite vardı).

Hücrede madde taşınması, hücre iskeleti, hücrede sinyal iletimi, hücre döngüsü, bağışıklık, hücre ölümü, kanser ve kök hücre gibi konular gördük. Dersi 2 hoca verdi ve her hoca kendi araştırmasıyla ilgili olan konuyu anlattı. Haftada 1 gün yardımcı olması için soru çözüm günü yapıldı ve asistanlar konularla ilgili deney soruları çözdüler. Sınavlarda bu sorulardan da soruldu.

BIO322 – Araştırma Konuları

Her hafta 1 ders saati seminer salonunda her hoca kendi araştırma konusunu bize tanıtıp seminer verdi. Bölümde neler oluyor, bu lablara ilgileniyor muyuz, tam olarak çalıştıkları şey ne, bu gibi şeyleri öğrenmiş olduk. Bu dersin aynı şekilde 1. sınıfta da almıştık ama o zaman bölüme giriş dersi olduğu için seminerler çok daha basit seviyedeydi.

BIO342 – Fizyoloji

Bu dersi alırken bir ara gerçekten tıp okuduğumu zannettim çünkü vücuttaki bütün sistemler ve duyu organları ile ilgili çok şey öğrendik. Ders sinir hücrelerinden başladı, duyu organlarından devam etti ve sistemlerle bitti. Hem biraz anatomi, hem de çalıştığını nasıl işlediğini gördük.

Sinir hücreleriyle ilgili olan kısım sinirbilim çalışmak isteyenler için çok önemli ve yararlıydı. Bu dersin eskiden farelerin kullanıldığı bir labı varmış ama sonradan kaldırılmış 🙂

BIO308 – BIO407 – Seminer

Her hafta 1 kişiye sunması için bir makale veriliyor ve o makaledeki araştırmanın amacı ne, hangi bilgilere dayanarak bu araştırmayı yapıyorlar, hangi metodları kullanıyorlar ve sonucun ne olduğuna dayalı bir 1 buçuk-2 saatlik sunum yapıyoruz. Bu makaleler 2-3 hafta önceden dağıtılıyor ve düzgün bir sunum yapabilmek için deneyleri iyice anlamak gerekiyor. Dersin notlandırması da yaptığımız sunuma ve diğer sunumlarda yapılan tartışmalara katılma miktarımıza göre oluyor. Ben sunumlarımı nasıl hazırlıyorum, nelere dikkat ediyorum buradan okuyabilirsiniz.

Lisanstaki son sunumumdan sonra 🙂

BIO403 – Bilimsel Yordam

Bu derste düzgün bir bilimsel araştırma nasıl yapılır onu gördük. Deneyler etik kurallarına uygun olarak nasıl yapılmalı, deneylerde hayvan kullanımı nasıl olmalı, verilerin değiştirilmesi ya da eski verilerin yeni sonuçlar gibi kullanılması fark edilir mi, makale nasıl çıkartılır-süreç nasıl işler gibi bize akademik hayatta yardımcı olacak şeyler öğrendik. En sonda da etik problemler içeren bir  araştırma örneği verildi ve burada ne gibi hatalar var, kim neyi yanlış yaptı, ne nasıl düzeltilmeli; bunları açıkladığımız bir ödev yaptık.

BIO410 – Kanser Biyolojisi

Bu ders seçmeli olarak aldığım bir dersti. Kansere yol açan farklı mekanizmalar, RNA’ların kanser tedavisindeki rolleri ve genel olarak tedavi yollarını gördük. Bu derste her hafta farklı bir konu işlendi ve herkes o hafta işlenen konu ile ilgili bir makale sundu.


BIO430 – Sinirbilim

En hevesle aldığım seçmeli dersim olur kendisi. Sinir hücresi türleri, sinir hücreleri nasıl oluşur, nasıl gelişir, nasıl sinaps yaparlar önce bunları gördük. Daha sonra navigasyon, hafıza, biyolojik saat, konuşma gibi konularda nöronların nasıl çalıştığını gördük. Bu derste de her hafta ayrı konu işleniyordu ve iki öğrenci o hafta işlenen konu ile ilgili bir çok temel makale, bir de modern bir makale sunuyordu.


BIO48B – Biyoinformatik

Bu dersi de seçmeli olarak aldım. 355 Moleküler Biyoloji labında öğrendiğimiz klonlama olayını bilgisayar programları ile yapma işini öğrendik. Ders teorik ve pratik olarak iki kısımdan oluşuyor. Primer nasıl dizayn edilir, iyi elektroforezler nasıl yapılır, hangi sıcaklıkları seçmeliyiz onları teorik kısımda gördük.

Pratik kısımda ise Geneious programını kullandık ve deneyde kullanacağımız DNA’mızın sekansı, içine koyduğumuz vektörün sekansını sisteme girdik. Daha sonra eklediğimiz enzimler bu sekansları nereden kesecek, hepsini net bir şekilde ATGC nükleotidler olarak ekranda görebildik ve en son elde edeceğimiz vektör-hedef DNA ikilisinin sekansını program “klonla” tuşuna basarak bize sunuyordu. Yani hangi sekansları kullandık ve klonlamanın sonucundaki şey bizim istediğimiz mi, onu görebildik.

Proje sunumumdan bir kare


BIO491-492 Special Project

Bölümdeki bir araştırma labına katılıp oradaki araştırmaların bir parçası olduğunuz mükemmel bir derstir. Gerçek bir araştırma yapmak neye benzer, nasıl bir efor gerektirir, master yapmak nasıldır, gibi soruların cevaplarını öğrenirsiniz ve okulda bugüne kadar öğrendiğiniz her bilgiyi deneylerinizde kullanıp pratik yapma şansı elde edersiniz. Dönem sonunda da yaptığınız işleri bölümdeki hocalara sunduğunuz 15 dakikalık bir sunumunuz olur. Benim Prof. Dr. Nesrin Özören’in labında yaptığım projemin detaylarını buradan okuyabilirsiniz.

Okulda birbirinden farklı dersler aldım, hepsi birleşince kendimi gerçekten bilgi konusunda donanımlı hissetmeye başladım. Keşke daha bisürü farklı ders alabilseydim ama bu kadarına fırsatım oldu. Umarı dersler konusunda biraz kafanızı şekillendirebilmişimdir 🙂

Bir cevap yazın

E-posta hesabınız yayımlanmayacak. Gerekli alanlar * ile işaretlenmişlerdir